El pajonal se encuentra amenazado principalmente por incendios ocasionados por moradores y visitantes. En Agosto de 1997 se produjo un incendio en esta área que se extendió por más de 5 hectáreas, involucrando no solo al pajonal Paco Paco sino también a comunidades arbustivas de las laderas. La participación de los guardaparques de IDMA e INRENA permitió controlar el fuego.